一、清代（公元1644~1911年）
广东中医师承研究中心指出，清代研究本草之风盛行，各家的本草著作很多，代表作当推赵学敏的《本草纲目拾遗》（1765年）。全书共十卷，载药921种，在《本草纲目》之外新增药物716种。按《本草纲目》16部分类，除人部外，把金石分为两部，又增藤、花两部，共18部。书中既补充了金钱草、鸡血藤等临床常用药，又收集了金鸡勒、香草、臭草等外来药，极大地丰富了本草学的内容。它不仅拾《本草纲目》之遗，而且对《本草纲目》已载药物治疗未备、根实未详者加以补充。卷首列正误34条，对《本草纲目》作了重要的补充和订正。
此外，刘若金的《本草述》、汪昂的《本草备要》、吴仪洛的《本草从新》、严西亭的《得配本草》、黄宫绣的《本草求真》、王子接的《得宜本草》、黄元御的《玉橄药解》均是以《本草纲目》为基础，配合临床需要，以符合实用为原则，对《本草纲目》进行摘要、精减、整理工作，由繁返约的本草著作。
受考据之风影响，从明末至清代，不少学者从古本草文献中重辑《神农本草经》。
现行版本有孙星衍、孙冯翼合辑本（1799年）,3卷，载药365种，取材于《证类本草》、并校以《太平御览》等，每药正文之后，增加了《吴普本草》《名医别录》及其他文献资料，是一部学术水平较高、影响较大的重辑本。顾观光辑本（1844年）,4卷，也取材于《证类本草》，按《本草纲目》所载“本草经药物目录”编排，除考证书中条文外，对药物也作了一些校勘，虽不如孙本完善，但突出了用药原则，是本书特点。再有日本森立之辑本（1854年）,3卷，考异1卷。书中药品次序、文字均系采自《新修本草》，并参考《千金方》、《医心方》及日本《本草和名》等书而辑成，载药357种。因《新修本草》所收《神农本草经》的资料最接近原书内容，故森立之所辑原文也最可靠，同时所附考异一卷，引证广博而严谨，有很高的学术价值。此外，还有明·卢复、清·黄夷等辑本，对学习研究《神农本草经》都有参考价值。
继明末（1625年）缪希雍的《神农本草经疏》之后，清代注释发挥《神农本草经》的著作有邹渤的《本经疏证》及《本经续要》、张璐的《本经逢原》、张志聪的《本草崇原》等，都是很有影响的《神农本草经》注疏专著。
清代专题类本草门类齐全，其中也不乏佳作。如张仲岩的《修事指南》，将历代各家有关炮制记载综合归纳，较为系统地论述了各种炮制方法。又如吴其泼的《植物名实图考》，详记每种植物形态、产地、栽培、用途、药用部位、效用治验等内容，并附有插图，为我们研究药用植物提供了宝贵的文献资料。
二、民国时期（公元1911~1949年）
“改良中医药”、“中医药科学化”、“创立新中医”等口号风行一时，形成民国时期中医药学发展的一大特色。这一时期中医药学发展的特点是中西医药并存。虽然国民政府对中医药采取了不支持和歧视的政策，但在志士仁人的努力下，中医药学以其顽强的生命力，依然继续向前发展，并取得了不少成果。
中药辞书的产生和发展是民国时期中药学发展的一项重要成就，其中成就和影响最大的当推陈存仁主编的《中国药学大辞典》（1935年）,全书约200万字，收录词目4300条，既广罗古籍，又博采新说，且附有标本图册，受到药界之推崇。虽有不少错讹，仍不失为近代第一部具有重要影响的大型药学辞书。
这一时期，随着中医或中医药院校的出现，涌现了一批适应教学和临床应用需要的中药学讲义。如浙江兰溪中医学校张山雷编撰的《本草正义》，该书分类承唐宋旧例，对药物功效则根据作者实际观察到的情况及临证用药的具体疗效加以阐述，且对有关中药鉴别、炮制、放放方法等亦加以论述，目的在于让学生既会用药，又会识药、制药，掌握更多的中药学知识。属于这类教材的还有上海中医专门学校秦伯未的《药物学》、新江中医专门学校何廉的《实验药物学》、天津国医函授学校张锡纯的《药物讲义》民国时期，随着西方药学知识和化学、生物学、物理学等近代科学技术在我国的迅等，对各药功用主治的论述大为充实。
中医药的快速传播和发展，初步建立了以中药为主要研究对象的药用动物学、药用植物学、生药学、中药鉴定学、中药药理学等新的学科。在当时条件下，其成果集中在中药的生药、药理、化学分析、有效成分提取及临床验证等方面，对本草学发展所作的贡献应当充分背定。